Новый кузов представляет собой самое большое изменение по сравнению с Huayra R. Он использует конструкцию аналогичную той, которую Pagani реализовала для Huayra Codalunga, и вместе с другими аэродинамическими модификациями помогает увеличить прижимную силу по сравнению с Huayra R на 45%. Также появились новые дефлекторы спереди и центральный стабилизирующий плавник, проходящий по всей длине крышки двигателя.
Двигатель по-прежнему представляет собой 6, 0-литровый V-12, как на Huayra R. Разработанный в сотрудничестве с HWA, гоночной командой, основанной соучредителем AMG, двигатель развивает пиковую мощность 888 л.с., что на 50 больше, чем двигатель в Huayra R. Красная линия нового V-12 также была увеличена на 200 об/мин до 9200 об/мин, а двигатель также выиграл от усовершенствований распределительных валов.
Двигатель приводит в движение задние колеса через 6-ступенчатую секвентальную коробку передач, также разработанную совместно с HWA. По словам Пагани, несинхронизированная кулачковая трансмиссия была разработана специально для платформы Huayra. Он также служит элементом конструкции благодаря непосредственному креплению как к двигателю, так и к карбоновому баку.
Подвеска Huayra R Evo оснащена двойными поперечными рычагами из кованого алюминия, а также активными амортизаторами и так называемым демпфером качки. Другие обновления включают углеродно-керамические тормозные диски, 19-дюймовые передние и 20-дюймовые задние колеса, а также гоночные шины Pirelli P Zero.
